Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pendapatan Daerah Kota Surakarta. Sesuai dengan Peraturan Walikota Nomor 13 Tahun 2023 sekretaris memiliki tugas melaksanakan pengelolaan perencanaan, penganggaran, manajemen risiko, monitoring, evaluasi dan pelaporan kepegawaian, pengelolaan pendapatan, keuangan dan tata laksana pelayanan publik, kehumasan dan kerja sama pada badan.